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自考主考院校是由各省考委挑选专业师资力量较强的全日制普通高等学校担任。主考院校在高等教育自学考试工作上接受省考委的领导，参与制订专业考试计划和课程考试大纲，参与命题和评卷，负责有关实践性学习环节的考核，在自考生取得的毕业证上加盖校章，如江苏省自考行政管理专业由南京大学主考，会计专业由南京财经大学主考当你学完这个专业，所有课程考试通过，就可以拿到由南京大学/南京财经大学盖公章的毕业证书，从而国内以及国际上都认可你的专业水平与吉林大学相同专业毕业生是同等的。
自考中每一专业唯一对应一个主考院校，但也有个别专业，专科段和独立本科段是由不同的学校来主考的，把所学专业全部通过并经过毕业论文答辩合格后就颁发主考院校的毕业证书，但并不等于只有主考院校能开设这个专业的学习，只要具有高等教育资质的学校，经当地省考委批准后可开设由其他学校主考的专业。
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